石油降解低温细菌的筛选及降解特性的表征

贾凌慧1 郑世浩1 孙丽慧1 包永明1,2*

(1.大连理工大学 食品与环境学院,辽宁 盘锦 124221; 2.大连理工大学 生命科学与技术学院,辽宁 大连 116024)

摘要:从石油污染土壤中,通过低温富集,筛选并鉴定得到7株低温石油降解细菌。基于菌株降解石油组分特性,构建6组低温石油降解菌群,利用5 L发酵罐,并通过尾气分析仪在线监测菌群石油降解过程中的CO2产生和O2消耗变化,评价菌群的石油降解能力。由Arthrobacter sp. JLH 001,Acinetobacter baumannii JLH 002,Pseudomonas fragi JLH 003和Arthrobacter sp. JLH 006组成的菌群降解石油效果最佳,48 h后CO2的产生值和O2的消耗值达到最高,在15 ℃时、72 h后能完全降解1%的石油,并且在25 ℃时降解速度显著增强。结果表明:石油污染土壤的原位生物修复可通过低温石油降解菌群的添加实现高效及快速修复。

关键词:石油污染土壤;低温细菌;石油降解微生物;生物降解;生物修复

0 引 言

石油通常是指未经提炼的原油[1],具有较强的生物毒性,会通过多种方式造成土壤污染,对人类社会和自然环境构成严重威胁[2]。传统的土壤石油污染治理技术主要是一些物理、化学方法,成本较高且效率低,而原位生物修复是一种高效、经济、可行且环境友好的技术[3]

石油污染土壤的生物修复中,温度是影响修复效率的重要因素。深层土壤的温度较低[4-5],适温微生物的生长代谢活动缓慢,降解效率受到限制[6-9]。低温微生物能以独特的生理功能适应环境,用于石油污染土壤修复,不仅技术可行,而且具有重要的理论意义和社会价值。国外已有研究发现了一些低温微生物,如诺卡氏菌属(Nocardia)[10]、假单胞菌属(Pseudoalteromonas)[11]、沙门氏菌属(Salmonella)[12]、红球菌属(Rhodococcus)[13]、争论贪噬菌(Variovorax paradoxus)[14]等菌株,对脂肪烃和多环芳烃表现出较好的降解效果。

目前,国内外采用单一菌株进行石油污染土壤的生物修复的研究报道较多,实际应用中难以达到理想的修复效果。微生物菌群的协同修复不仅能显著提高石油的降解效率,而且适用于石油污染土壤的原位修复[2]。研究发现,与单一细菌相比,以食碱菌(Alcanivora)和解环菌(Cycloclasticus)为优势菌株的土著菌群对石油表现出更高的降解率[15]

本研究旨在探索人工构建低温石油降解菌群,在反应器中实现快速石油降解,同时通过在线监测反应器中CO2和O2的浓度变化来评价石油降解效果,探索并优化石油污染土壤原位修复的过程控制参数及条件。

1 实验部分

1.1 实验材料

样品来源:本研究中所用样品来自(121°60′N、40°47′E)的石油污染土壤,总油浓度为181.93 mg/g,主要污染物为C10—C38的正构烷烃,含量约为79.73 mg/g。

培养基:MM培养基(无碳源):MgSO4·7H2O 3.5 g/L,CaCl2 0.05 g/L,NaCl 5 g/L,KCl 0.35 g/L,(NH4)2SO4 0.5 g/L,KH2PO4 1.0 g/L,Na2HPO4 1.0 g/L,pH 7.5。MM琼脂培养基为MM基础培养基外加15 g/L琼脂。LB培养基:蛋白胨10.0 g/L,酵母浸粉5.0 g/L,NaCl 10 g/L,pH 7.5。

1.2 石油降解菌株的富集及筛选

称取5 g土壤样品于装有50 mL无菌水的250 mL三角瓶中,15 ℃,150 r/min条件下振荡7 d后,取3 mL土壤悬液加入装有含2%(w/V)原油MM培养基(30 mL)的250 mL三角瓶中,15 ℃,150 r/min条件下振荡7 d;吸取1 mL培养液加入至装有含2%(w/V)原油MM培养基(30 mL)的250 mL三角瓶中,15 ℃,150 r/min条件下振荡培养10 d,2轮重复后,取100 μL培养液,梯度稀释,涂布含2%原油的MM平皿,15 ℃培养72 h,挑取单菌落,接种LB琼脂培养基,15 ℃培养48 h,4 ℃冰箱短期保存;LB培养基的培养物接种LB液体培养基,15 ℃,150 r/min条件下培养12 h,培养液与50%的甘油1∶1混匀,冻存于-80 ℃冰箱。

1.3 菌种鉴定

用Ezup柱式细菌基因组DNA抽提试剂盒(上海生工生物工程公司)提取菌株DNA,利用细菌16S rRNA通用引物1492R(5′-GGTACCTTGTTACGACTT-3′)和27F(5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′)进行PCR扩增。PCR体系(50 μL):DNA模板2 μL,正反向引物各1 μL,dNTP 4 μL,10× PCR 缓冲液5 μL,Taq DNA聚合酶0.2 μL,纯水36.8 μL。PCR条件:95 ℃预变性5 min,95 ℃ 30 s、50 ℃ 30 s、72 ℃ 1.5 min 30个循环,72 ℃延伸10 min。扩增产物送至北京华大基因公司测序,结果提交至NCBI数据库。

1.4 低温细菌的石油降解特性分析

1.4.1 温度对细菌降解石油的影响

LB培养基固体培养物,PBS缓冲液洗脱,稀释至OD600=0.5。以5%的接种量接种至含1%原油MM培养基(30 mL)的250 mL三角瓶中,分别在15,25,37 ℃条件下,150 r/min振荡培养15 d,每隔12 h培养液取样进行OD600测定,每组实验设置无原油对照。

1.4.2 细菌对不同石油烃的降解能力分析

LB培养基固体培养物,PBS缓冲液洗脱,稀释至OD600=0.5,以5%的接种量接种至含2 g/L环己烷、2 g/L正十六烷或0.1 g/L菲为唯一碳源MM培养基(30 mL)的250 mL三角瓶中,15 ℃,150 r/min条件下振荡培养7 d,每隔12 h培养液取样进行OD600测定,7 d后对培养液中的残余石油烃浓度进行测定;每组实验设置无菌对照。

培养液中的残余正十六烷和环己烷分别用正己烷和二甲苯进行萃取,利用赛默飞Trace 1300气相色谱仪进行定量测定[16, 17]。培养液中的残余菲用乙酸乙酯进行萃取,利用安捷伦1290 Infinity Ⅱ高效液相色谱仪进行定量测定[16]

1.5 低温细菌产表面活性剂能力分析

将生长对数期的菌液分别接种至含1%原油、含1%原油与0.03%鼠李糖脂的30 mL MM培养基中,15 ℃,150 r/min振荡培养15 d,每隔12 h培养液取样进行OD600测定。每组实验设置无菌对照。培养5,10,15 d后,将只含原油培养基的全部培养液转移至50 mL离心管,8000×g离心10 min,将除去菌体和原油后的中层液体转移至培养皿,用配备有25 N测力传感器的质构仪(TMS-Pilot,FTC,USA),采用圆盘探头对样品的表面张力进行测定,每个样品重复测定3次。

1.6 低温菌群的石油降解分析

采用德国SAXON Infralyt 80多组分尾气分析仪,对5 L发酵罐中低温菌群的石油降解过程中的CO2和O2浓度进行实时在线监测,以15 ℃、5 d内CO2产量和O2消耗量的动力学曲线表征菌群的石油降解能力,并对添加鼠李糖脂生物表面活性剂及25 ℃条件下的石油降解进行测定与分析,每组实验设置无菌对照。

2 结果与讨论

2.1 菌种鉴定结果

从石油污染土壤中筛选得到7株石油降解菌,可在15 ℃时,以原油为唯一碳源的培养基中良好生长。经形态学鉴定,7株细菌均为革兰氏阴性。7株细菌的16S rDNA鉴定比对结果如表1所示。

表1 7株石油降解菌鉴定结果
Table 1 Identification and contrast of seven oil-degrading bacteria strains

菌编号菌属种名相似度/%Genbank登录号JLH001节杆菌属Arthrobactersulfonivorans99MK691447JLH002不动杆菌属Acinetobacterbaumannii100MK691448JLH003假单胞菌属Pseudomonasfragi100MK691449JLH004苍白杆菌属Ochrobactrumpituitosum98MK691450JLH005不动杆菌属Acinetobactercalcoaceticus100MK691451JLH006节杆菌属Arthrobacteroxydans97.5MK691452JLH007拉恩氏菌属Rahnellaaquatilis99.93MK691453

2.2 菌株的石油降解特性

2.2.1 温度对石油降解细菌生长的影响

不同温度下,不同菌株在原油培养基中的生长情况如图1所示。可知:在15,25 ℃下,JLH 001、JLH 003和JLH 004菌株的生长均优于37 ℃;其余4个菌株,在15,25,37 ℃下,生长差异不大,基于微生物生长的最适温度,7株分离细菌均属于兼性嗜冷菌。

—15 ℃; —25 ℃; —37 ℃; —对照。
图1 7株细菌在1%原油培养基中不同温度下的生长曲线
Figure 1 Growth curve of seven isolated strains in 1% crude oil medium at different temperature

2.2.2 石油烃对低温细菌生长的影响

图2为7株菌株在正十六烷、环己烷、菲中的生长情况。可知:不同菌株在不同烃化合物培养基中的生长速度及生长量不同;同时,不同菌株在相同烃化合物培养基中的生长能力差异较大。菌株JLH 001、JLH 002和JLH 006以3种石油烃为碳源时生长能力均较强,而菌株JLH 007和JLH 003的生长能力相对较差。

2.2.3 低温细菌对不同石油烃的降解能力

图3为7株细菌对以正十六烷、环己烷、菲作为石油烃类的代表化合物的降解情况。可知:7株细菌对环己烷的降解率在55%左右,无显著性差异。JLH 001,JLH 002和JLH 006对正十六烷的降解能力较强,降解率>20%,高于文献[18]报道的15%。JLH 003对菲的降解率达到40%;除JLH 004和JLH 007外,其余4株细菌对菲的降解率均>25%,与文献[19]报道的20%处于同一水平,比假单胞菌W12稍低[20]

—JLH 001; —JLH 002; —JLH 003; —JLH 004; —JLH 005; —JLH 006; —JLH 007; —对照。
图2 15 ℃下7株细菌在正十六烷,环己烷和菲培养基中的生长曲线
Figure 2 Growth curve of 7 isolated strains in presence of hexadecane, cyclohexane and phenanthrene at 15 ℃

环己烷; 正十六烷; 菲。
注:误差线表示标准差,不同字母表示不同菌株间的差异,P<0.05。
图3 7株细菌15 ℃下培养7 d对不同石油烃类的降解
Figure 3 Degradation of hexadecane, cyclohexane and phenanthrene by 7 isolated strains after incubating for seven days at 15 ℃

该结果与石油烃对分离细菌生长的影响一致,JLH 001、JLH 002与JLH 006在3种烃类培养基中生长良好,降解率也较高。

2.3 低温石油降解菌的产表面活性剂能力

2.3.1 添加表面活性剂对低温石油降解细菌生长的影响

石油烃的生物可利用性是影响微生物降解石油的关键因素,而石油烃的疏水性是限制其生物可利用性的重要条件之一[21]。鼠李糖脂对不同菌株在石油中生长的影响如图4所示。可知:添加鼠李糖脂对菌株JLH 001、JLH 003和JLH 006的生长影响较小,延迟期有利于菌体的生长,平衡期降低了菌株生长量,这与文献报道一致,即一定浓度的鼠李糖脂会对假单胞菌CICC 20575吸收正十六烷产生抑制作用[22]。其余4株细菌,添加鼠李糖脂对其生长均表现出明显的促进作用。

—外加鼠李糖脂; —未加鼠李糖脂; —对照。
图4 15 ℃下添加鼠李糖脂对7株细菌在1%原油培养基中生长的影响
Figure 4 Effects of adding rhamnolipid on growth of 7 isolated strains in 1% crude oil media at 15 ℃

2.3.2 低温细菌培养液表面张力变化

7株细菌在原油培养基中培养不同时间后,表面张力变化如图5所示。可知:培养5 d后,7株细菌的培养液表面张力均明显降低,其中JLH 006降低最明显;10 d后,培养液表面张力进一步降低;15 d后,表面张力降低情况更明显,其中JLH 001、JLH 003和JLH 004的表面张力降低显著。JLH 001和JLH 006的产表面活性剂能力最强,致表面张力降低最快,与文献[23, 24]报道结果一致,添加表面活性剂对其在石油中的生长并无明显促进作用。

5 d; 10 d; 15 d。
注:误差线表示标准差,字母表示不同菌株间的差异,P<0.05。
图5 15 ℃下7株细菌在1%原油培养基中的表面张力变化
Figure 5 Surface tension change of seven isolated strains culture at 15 ℃ incubation in 1% crude oil media

2.4 低温菌群的石油降解

根据筛选的7株低温细菌对石油不同成分的降解能力,构建了6组低温石油降解菌群,并对菌群的石油降解情况进行了测定。这6组菌群分别为:

菌群CST 111:JLH 001,JLH 002,JLH 003,JLH 006;菌群CST 222:JLH 001,JLH 002,JLH 004,JLH 006;菌群CST 333:JLH 001,JLH 003,JLH 004,JLH 006;菌群CST 444:JLH 001,JLH 003,JLH 006,JLH 007;菌群CST 555:JLH 001,JLH 002,JLH 006,JLH 007;菌群CST 666:JLH 001,JLH 004,JLH 006,JLH 007。

利用尾气分析仪对菌群的石油降解过程中CO2浓度与O2浓度进行实时在线监测,表征菌群的石油降解能力。

2.4.1 不同菌群的石油降解特性

图6为15 ℃时不同菌群降解1%原油时CO2产生和O2消耗情况。可知:在15 ℃下,反应器石油降解过程中CO2增加曲线与O2消耗曲线变化一致,但不同菌群的CO2增加量与O2消耗量均表现出明显差异。其中,菌群CST 111表现出最高的石油降解能力,在48 h左右CO2产量和O2消耗量达到最高,分别为2.22%和6.27%,在72 h左右2种曲线渐趋于平缓,降解达到终点。菌群CST 333的CO2产量与O2消耗量在48 h左右达到最高。菌群CST 555最早进入降解完全阶段,在34 h左右达到降解终点,对石油的降解速度最快。

—CST 111; —CST 222; —CST 333; —CST 444; —CST 555; —CST 666; —对照。
图6 15 ℃下不同菌群降解1%原油时CO2的产生和O2的消耗变化
Figure 6 CO2 production and O2 consumption of crude oil degradation by different microfloras at 15 ℃

2.4.2 添加生物表面活性剂对菌群石油降解特性的影响

图7为添加鼠李糖脂对不同菌群降解1%原油CO2产生量和O2消耗量的影响。在15 ℃下添加鼠李糖脂后,菌群CST 666降解原油的CO2产量与O2消耗量最大,29 h达到峰值,分别为0.94%和2.11%;34 h菌群的CO2产量与O2消耗量趋于稳定,即进入了降解完成阶段,说明添加鼠李糖脂提高了菌群CST 666的石油降解率和降解速度,促进其降解。其他5个菌群,添加鼠李糖脂后降解石油的CO2产量与O2消耗量与图6未添加鼠李糖脂时相比,均大幅降低,鼠李糖脂对这些菌群的原油降解并未产生促进作用,即鼠李糖脂抑制了这些菌群中某些菌株在原油中的生长。

—CST 111; —CST 222; —CST 333; —CST 444; —CST 555; —CST 666; —对照。
图7 15 ℃下添加鼠李糖脂对不同菌群降解1%原油CO2产生和O2消耗影响
Figure 7 Effects of adding rhamnolipid on CO2 production and O2 consumption of crude oil degradation by different microfloras at 15 ℃

2.4.3 25 ℃下不同菌群的石油降解特性

图8为25 ℃不同菌群降解1%原油时CO2产生和O2消耗情况。可知:在25 ℃下,菌群CST 111、CST 333和CST 444表现出较强的石油降解能力,比15 ℃下(图6)更早地达到CO2产量与O2消耗量的最高值,菌群CST 111和CST 333提前了约20 h进入降解完成阶段;温度对CST 444降解速度的促进效果则更为明显。一定程度的升温可以提高某些菌群的石油降解速度。

—CST 111; —CST 333; —CST 444。
图8 25 ℃下不同菌群降解1%原油时CO2产生和O2消耗变化
Figure 8 CO2 production and O2 consumption of crude oil degradation by different microfloras at 25 ℃

3 结 论

1)在15 ℃下以原油为唯一碳源,从石油污染土壤中筛选得到7株石油降解菌;形态学及16S rDNA菌株鉴定,最适生长温度分析证明其均为兼性嗜冷细菌。

2)基于7株低温细菌对正十六烷、环己烷和菲这3种石油烃的降解特性及产生物表面活性剂能力,构建了6组低温石油降解菌群,由Arthrobacter sp. JLH 001、Acinetobacter baumannii JLH 002、Pseudomonas fragi JLH 003、Arthrobacter sp. JLH 006组成的菌群CST 111的石油降解能力最强,在15 ℃时,生物反应器中1%的原油培养基在第2天达到石油降解最高点,第3天进入降解完成阶段;添加鼠李糖脂生物表面活性剂、提高温度可以在一定程度上提高菌群的石油降解速度。

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SCREENING OF COLD-ADAPTED PETROLEUM DEGRADING BACTERIA AND CHARACTERIZING MICROFLORA FOR PETROLEUM DEGRADATION

JIA Ling-hui1, ZHENG Shi-hao1, SUN Li-hui1, BAO Yong-ming1,2*

(1. School of Food and Environment Science and Technology, Dalian University of Technology, Panjin 124221, China;2. School of Life Science and Biotechnology, Dalian University of Technology, Dalian 116024, China)

Abstract: The performance of in-situ bio-remediation of petroleum-contaminated soils has been always unsatisfactory, because of complex composition of crude oil and its strong biological toxicity, as well as low microbial activity at low soil temperature. In this paper, 7 cold-adapted oil-degrading bacteria strains were screened and identified from oil polluted soils. Based on the degrading characteristics of the 7 bacteria strains for petroleum composition, 6 cold-adapted oil-degrading microfloras were prepared. The CO2 production and O2 consumption of 6 microfloras for degrading crude oil in 5 L fermenters were monitored online with a gas analyzer. The most efficient microflora, consisted of Arthrobacter sp. JLH 001, Acinetobacter baumannii JLH 002, Pseudomonas fragi JLH 003 and Arthrobacter sp. JLH 006, showed maximal O2 consumption and CO2 production capacity after about 48 h, and completely degraded crude oil (with content of 1%) after about 72 h at 15 ℃, and the degradation was significantly accelerated at 25 ℃. These results suggested that efficient in-situ bio-remediation of petroleum-contaminated soil could be realized by adding cold-adapted oil-degrading microfloras.

Keywords: petroleum contaminated soil; cold-adapted bacteria; petroleum degrading bacteria; bio-degradation; bioremediation

DOI:10.13205/j.hjgc.202006041

收稿日期:2019-06-11

基金项目:国家自然科学基金“铁-碳纳米复合物活化过硫酸盐氧化土壤多环芳烃的化学机制”(21876022)。

第一作者:贾凌慧,女,硕士研究生,主要研究方向为环境微生物。linghuijia@mail.dlut.edu.cn

*通信作者:包永明,男,教授,主要研究方向为生物催化转化。biosci@dlut.edu.cn